Em Ecopiratas em Fernando de Noronha, mistério, aventura e consciência ambiental se encontram em uma ilha paradisíaca. Estranhos acontecimentos tomam conta do lugar: o fantasma de um velho pirata espalha terror e tartarugas-verdes desaparecem misteriosamente.
É nesse cenário que Tony Topetudo e Trancinha, uma menina surda destemida, enfrentam túneis secretos, antigas fortalezas e paisagens deslumbrantes, descobrindo o valor da superação, da cidadania e do cuidado com a natureza. Pelo caminho, encontram personagens inesquecíveis, como o excêntrico Capitão O-Biruta, e aprendem que proteger o meio ambiente pode ser tão divertido quanto uma verdadeira caçada ao tesouro.
Uma aventura repleta de humor, ação e maluquices que convida crianças e jovens a se tornarem verdadeiros Ecopiratas, a serviço da Rainha Natureza, mostrando que cuidar do planeta é uma missão divertida e heroica.