Em 1975, a FNLIJ iniciou a sua premiação anual, com o Prêmio FNLIJ - O Melhor para Criança, distinção máxima concedida aos melhores livros infantis e juvenis, que hoje conta com diversas categorias: Criança, Jovem, Imagem, Informativo, Poesia, Livro Brinquedo, Teatro, Teórico, Reconto, Literatura em Língua Portuguesa, Tradução/Adaptação Criança, Tradução/Adaptação Jovem, Tradução/Adaptação Informativo, Tradução/Adaptação Reconto, Revelação Escritor, Revelação Ilustrador, Melhor Ilustração e Projeto Editorial.
A FNLIJ concedeu Prêmios Especiais, em 1997, 1998 e 1999, a obras em nova edição de autores falecidos (Carlos Drummond de Andrade e Rubem Braga) e a obras de coleções anteriormente premiadas.
Desde 1992, a FNLIJ criou o Hors Concours para cada prêmio, a fim de estimular novos escritores e ilustradores. Ele ocorre quando o mais votado na categoria já ganhou pelo menos três vezes o Prêmio FNLIJ como escritor ou ilustrador.